设为首页|加入收藏
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4

产品展示 / Product

联系我们 / Contact us

杭州然钠生物科技有限公司

Tel:4008 789 421

地址:杭州文一西路15002722

 


客户服务 首页  客户服务

测序平台简介

PacBio第三代测序仪

PacBio RS II测序仪系统是太平洋生物技术公司(Pacific Biosciences)基于单分子实时(SMRT)测序技术的第三代测序平台,可以在一天内完成从样品制备到测序和读取序列的全过程。单分子测序技术的突破性进展全面解决了二代测序几大困扰:海量数据拼接难,变异检测假阳性高,稀有突变被淹没,高GC含量区域无法跨越,高度片段无法准确测定等,得到高质量、完整的数据信息。沃森生物利用第三代测序平台,能为合作伙伴提供优质的动植物基因组组装、细菌真菌基因组组装、全长转录组测序等技术服务。

PacBio RS II技术优势:

1、超长测序读长:平均5-8k,最长能达到30k以上,适合denovo拼接;

2、无GC偏向性:可以轻松测定高GC含量区域,保证序列的均匀覆盖度

3、无PCR扩增偏向性:单分子实时测序,样本无需进行PCR扩增

4、极端的准确率:对基因组组装和基因组变异检测,可以最多达到99.999%的准确率;

5、无需处理,直接检测DNA甲基化:包括5-mC5-hmCN6-甲基腺嘌呤

PacBio RS II测序仪

Illumina NextSeq500

高通量的规模,桌面式的简约。

第一台也是唯一一台将基因组、外显子组和转录带到您的桌面的DNARNA测序仪,帮助您发现之前所不能的,每天带来更佳的答案。高通量速度、样品量灵活、按键式简约和购买经济性的最佳组合。

 

Illumina Hiseq2500

强大高效,适合大规模基因组学。

HiSeq 2500系统是一台强大而高效的超高通量测序系统,支持最广泛的基因组学应用和研究规模。利用Illumina成熟的SBS原理,无以伦比的数据质量让HiSeq 2500成为全球大型基因组中心和领先机构的首选仪器。



另一个下拉菜单“服务内容”,内容如下:

1、全基因组测序和重测序:

全基因组denovo测序即全基因组从头测序,是指不依赖于任何已知基因组序列信息对某个物种的基因组进行测序,然后应用生物信息学手段对测序序列进行拼接和组装,获得该物种基因组序列图谱,同时借助比较基因组方法来探索生物的起源和进化。

全基因组重测序是对基因组序列已知物种的个体进行基因组测序,并在个体或群体水平进行差异性分析的测序方法。可以全面的挖掘单核苷酸多态性位点(SNP)、插入缺失(InDel)和结构变异(SNV等多态性信息)。全基因组重测序已经成为动植物育种、群体进化、药物研发、疾病研究和临床诊断中最为迅速而有效的方法之一,在全基因组水平上扫描并检测与生物体重要性状相关的突变位点对分子育种研究具有重大的科研价值和产业价值。

1.1技术路线

1.2生物信息学分析

a)   原始数据整理、过滤及质量评估

b)  基因组序列拼装与分析:

                                           i.          ♦基因组序列拼装

                                         ii.          ♦基因组拼装效果评估 (Contig N50、Scaffold N50、基因组大小和GC含量 )

c)   功能元件分析:

                                           i.          ♦蛋白编码基因预测

                                         ii.          ♦非编码RNA预测

                                       iii.          ♦蛋白编码基因的功能注释

                                      iv.          ♦蛋白编码基因的KOG和GO注释

                                        v.          ♦蛋白编码基因的代谢途径注释(KEGG pathway)         

d)  根据客户要求进行个性化分析 

1.3 送样要求

1) 样品总量:≥ 10ug;

2) 样品浓度:≥ 50ng/ul,样品浓度越高越好。

3) 样品纯度:OD260/280应在1.82.0;

4) 样品质量:基因组完整、无降解。

5) 样品包装:用封口膜密封样品,DNA低温运输(-20℃)


2、全外显子组和靶向深度测序

外显子组是一个物种基因组中全部外显子区域的总和,该区域包含着合成蛋白质所需要的信息,涵盖了与个体表型相关的大部分的功能性变异。外显子组测序是以高效捕获为前提,相对于全基因组测序,外显子组测序的覆盖度更深,数据准确性更高。同时基于大量的公共数据库提供的外显子数据,能够结合现有的资源更好地解释研究成果。

靶向深度测序是将感兴趣的基因组区域通过捕获试剂盒进行富集后再进行测序的研究策略。 可大样本、高通量的深入研究目标区域的遗传变异情况,比 PCR 更为经济有效。

2.1 技术路线

2.2 生物信息学服务

1)       数据产出统计

2)       外显子测序深度分布分析

3)       外显子测序均一性分析

4)       SNP分析:

                        i.              ♦SNP检测

                      ii.              ♦SNP注释

5)       插入和缺失(InDel)分析:

a)       ♦InDel检测

b)      ♦InDel注释

6)       氨基酸替代的预测分析

7)       dbSNP映射

8)       根据客户要求进行个性化分析

2.3 送样要求

1) 样品总量:≥ 10ug;

2) 样品浓度:≥ 50ng/ul,样品浓度越高越好。

3) 样品纯度:OD260/280应在1.82.0;

4) 样品质量:基因组完整、无降解。

5) 样品包装:用封口膜密封样品,DNA低温运输(-20℃)


3RNA高通量测序

转录组是特定物种、组织或细胞类型转录的所有RNA(转录本)的集合,包括mRNA和非编码RNA(Non-coding RNA, 非编码RNA又包括:tRNArRNAsnoRNAmicroRNApiRNAlncRNA等。通过比较转录组或基因表达谱的研究以揭示生物学现象或疾病发生的分子机制是高通量组学研究的一个常用策略。利用高通量测序技术研究转录组在全面快速得到基因表达谱变化的同时,还可以通过测定的序列信息精确地分析转录本的cSNP(编码序列单核苷酸多态性)、可变剪接等序列及结构变异,另外对于检测低丰度转录本和发现新转录本具有其独特的优势。

3.1 技术路线

3.2 生物信息学分析

1)  原始数据整理、过滤及质量评估

2)  转录组测序分析:

                                           i.          ♦转录组拼接

                                         ii.          ♦Unigene聚类及GO注释

                                       iii.          ♦eggNOG分类注释

                                      iv.          ♦KEGG分类注释

                                        v.          ♦Unigene的表达量分析

                                      vi.          ♦Unigene的表达量差异分析(样本数≥2)

                                    vii.          ♦差异表达的Unigene的聚类分析(热图)(样本数≥3)

                                  viii.          ♦差异表达的Unigene的富集分析(GOKEGG) (样本数≥2)

3)  高级信息分析

                                           i.          cSNP分析

                                         ii.          SSR分析

                                       iii.          ORF分析

4)  3根据客户需求进行个性化分析

3.3 送样要求

1)样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品。

2)样品的量:细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10 μg以上的总RNA

3)样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度 ≥ 500 ng/μl28S:18S 1.5RIN 8

4)样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOLRNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。

5)样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。